К концу XIX века Кёнигсберг стал важным узлом железнодорожной сети. Железные дороги шли из Кёнигсберга в разных направлениях — в центральную Германию, Польшу, Россию, Прибалтику. Однако главного вокзала, где сходились бы железные дороги разных направлений, в городе не было. Железные дороги разных направлений обслуживались отдельными небольшими вокзалами.
Идея о строительстве центрального вокзала появилась ещё в 1896 году, в 1912 году началось строительство нового вокзала. С началом Первой мировой войны в 1914 году стройка прервалась.
В 20-е годы строительство продолжилось. Но тут начался конфликт вокруг привокзальной площади.
Руководство Кёнигсберга настаивало на репрезентативной колонне, которая должна была украсить привокзальную площадь.
Берлин категорически не хотел колонну — по финансовым соображениям. В ответ на это в 1923 руководство города распорядилось прекратить дальнейшее возведение вокзала. В результате, вместо 1926 года вокзал открылся только 19 сентября 1929 года.
Вокзал продолжал нормально функционировать до 21 января 1945 года. В ходе боёв за город станция значительно пострадала, поэтому после окончания войны вокзал не действовал, а роль главной пассажирской станции временно выполняла сортировочная станция. Повторное открытие главного вокзала состоялось только в 1949 году.
Первая крупная реконструкция вокзала состоялась только в 2003 году. Были реконструированы внутренние помещения (кассы, зал ожидания, кафе). Фойе вокзала было украшено новыми люстрами и фонтаном, были облагорожены подземные переходы, ведущие к перронам. На фасаде и в фойе вокзала были установлены точные часы.
